MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Aliivibrio salmonicida LFI1238 plasmid pVSAL54

Total Repeats: 85

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011315	GAAT	2	8	340	347	50 %	25 %	25 %	0 %	209809833
2	NC_011315	C	6	6	362	367	0 %	0 %	0 %	100 %	209809833
3	NC_011315	A	6	6	436	441	100 %	0 %	0 %	0 %	209809833
4	NC_011315	GTTG	2	8	531	538	0 %	50 %	50 %	0 %	209809833
5	NC_011315	GCGTAA	2	12	549	560	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	209809833
6	NC_011315	TC	3	6	561	566	0 %	50 %	0 %	50 %	209809833
7	NC_011315	AAG	2	6	572	577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209809833
8	NC_011315	TGT	2	6	743	748	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209809833
9	NC_011315	CAC	2	6	819	824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209809833
10	NC_011315	ATG	2	6	857	862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209809833
11	NC_011315	ACG	2	6	894	899	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209809833
12	NC_011315	GAAAA	2	10	920	929	80 %	0 %	20 %	0 %	209809833
13	NC_011315	ACG	2	6	932	937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209809833
14	NC_011315	TCAA	2	8	1002	1009	50 %	25 %	0 %	25 %	209809833
15	NC_011315	AAATT	2	10	1022	1031	60 %	40 %	0 %	0 %	209809833
16	NC_011315	GCT	2	6	1077	1082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209809833
17	NC_011315	CAA	2	6	1146	1151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209809833
18	NC_011315	C	7	7	1196	1202	0 %	0 %	0 %	100 %	209809833
19	NC_011315	ATAAC	2	10	1204	1213	60 %	20 %	0 %	20 %	209809833
20	NC_011315	AAT	2	6	1658	1663	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209809834
21	NC_011315	TTCTA	2	10	1672	1681	20 %	60 %	0 %	20 %	209809834
22	NC_011315	CAT	2	6	1744	1749	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209809834
23	NC_011315	TTC	2	6	1815	1820	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209809834
24	NC_011315	ACG	2	6	1898	1903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209809834
25	NC_011315	TGTTTT	2	12	1909	1920	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	209809834
26	NC_011315	CTA	2	6	1923	1928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209809834
27	NC_011315	ATA	2	6	1958	1963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209809834
28	NC_011315	T	8	8	2028	2035	0 %	100 %	0 %	0 %	209809834
29	NC_011315	TGT	2	6	2184	2189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209809834
30	NC_011315	TTC	2	6	2197	2202	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209809834
31	NC_011315	T	7	7	2203	2209	0 %	100 %	0 %	0 %	209809834
32	NC_011315	CTT	2	6	2217	2222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209809834
33	NC_011315	GAT	2	6	2307	2312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209809834
34	NC_011315	T	6	6	2342	2347	0 %	100 %	0 %	0 %	209809834
35	NC_011315	TGCTC	2	10	2354	2363	0 %	40 %	20 %	40 %	209809834
36	NC_011315	AT	3	6	2365	2370	50 %	50 %	0 %	0 %	209809834
37	NC_011315	TTA	2	6	2379	2384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209809834
38	NC_011315	GGT	2	6	3519	3524	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209809835
39	NC_011315	TGA	2	6	3565	3570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209809835
40	NC_011315	TAT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209809835
41	NC_011315	GATAAT	2	12	3594	3605	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	209809835
42	NC_011315	AAT	2	6	3644	3649	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209809835
43	NC_011315	TGGT	2	8	3689	3696	0 %	50 %	50 %	0 %	209809835
44	NC_011315	TAG	2	6	3743	3748	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209809835
45	NC_011315	TTTC	2	8	3756	3763	0 %	75 %	0 %	25 %	209809835
46	NC_011315	ATT	2	6	3768	3773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209809835
47	NC_011315	GA	3	6	3779	3784	50 %	0 %	50 %	0 %	209809835
48	NC_011315	TACA	2	8	3826	3833	50 %	25 %	0 %	25 %	209809835
49	NC_011315	TATC	2	8	3866	3873	25 %	50 %	0 %	25 %	209809835
50	NC_011315	TAG	2	6	3883	3888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209809835
51	NC_011315	CAA	2	6	3973	3978	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209809835
52	NC_011315	TCT	2	6	4004	4009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209809835
53	NC_011315	CAA	2	6	4012	4017	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209809835
54	NC_011315	ATG	3	9	4029	4037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209809835
55	NC_011315	G	6	6	4037	4042	0 %	0 %	100 %	0 %	209809835
56	NC_011315	TTGCT	2	10	4168	4177	0 %	60 %	20 %	20 %	209809835
57	NC_011315	TTG	2	6	4204	4209	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209809835
58	NC_011315	CAG	2	6	4215	4220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209809835
59	NC_011315	TAA	2	6	4235	4240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209809835
60	NC_011315	CTAT	2	8	4241	4248	25 %	50 %	0 %	25 %	209809835
61	NC_011315	TGT	3	9	4298	4306	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209809835
62	NC_011315	T	6	6	4317	4322	0 %	100 %	0 %	0 %	209809835
63	NC_011315	GTT	2	6	4362	4367	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209809835
64	NC_011315	GGT	2	6	4423	4428	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209809835
65	NC_011315	GTGTTT	2	12	4491	4502	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209809835
66	NC_011315	AGAA	2	8	4553	4560	75 %	0 %	25 %	0 %	209809835
67	NC_011315	ATG	2	6	4587	4592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209809835
68	NC_011315	ATG	3	9	4600	4608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209809835
69	NC_011315	ACTCAT	2	12	4663	4674	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209809835
70	NC_011315	CAA	2	6	4706	4711	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209809835
71	NC_011315	TTA	2	6	4721	4726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209809835
72	NC_011315	ATC	2	6	4752	4757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209809835
73	NC_011315	GCT	2	6	4863	4868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209809835
74	NC_011315	ATA	2	6	4930	4935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209809835
75	NC_011315	TGT	3	9	5021	5029	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209809835
76	NC_011315	TAT	2	6	5073	5078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209809835
77	NC_011315	CGAT	2	8	5079	5086	25 %	25 %	25 %	25 %	209809835
78	NC_011315	CTA	2	6	5100	5105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209809835
79	NC_011315	AGA	2	6	5138	5143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209809835
80	NC_011315	TTAA	2	8	5175	5182	50 %	50 %	0 %	0 %	209809835
81	NC_011315	TG	3	6	5236	5241	0 %	50 %	50 %	0 %	209809835
82	NC_011315	GGTA	2	8	5258	5265	25 %	25 %	50 %	0 %	209809835
83	NC_011315	TTA	2	6	5279	5284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	209809835
84	NC_011315	TGA	3	9	5288	5296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209809835
85	NC_011315	AGTT	2	8	5323	5330	25 %	50 %	25 %	0 %	209809835

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.